Pierwsza świštynia, pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny, stała w tym miejscu już w XV w.
Wzmianka z 1453 r. mówi o kościele-kaplicy "extra muros civitas", czyli położonym poza murami
miejskimi. W czasach owych średniowieczne miasto kończyło się nieco bliżej rynku, mniej więcej
tam gdzie dziś stoi zrekonstruowana Brama Wojanowska. Za pasem murów rozciągały się
przedmieścia, w tym Przedmieście Wojanowskie, gdzie właśnie ulokowano kościół. Obiekt służył
mieszkańcom, rozrastających się przedmieść i okolicznych wiosek. Co ciekawe, pozostał w rękach
Kościoła katolickiego nawet wtedy, gdy w XVI w. większość mieszkańców Jeleniej Góry (i Śląska)
przeszła na Luteranizm, a większość dawnych świątyń katolickich przejęli wyznawcy nowych doktryn.
Ta stara, gotycka kaplica nie przetrwała jednak dziejowych burz. Podczas najstraszniejszej w
dziejach Śląska zawieruchy, wojny trzydziestoletniej (1618-1648) została spalona. Stało się to
prawdopodobnie w katastrofalnym dla Jeleniej Góry roku 1634, kiedy w popiół obróciło się
niemal całe miasto. Później w pobliżu miejsca, gdzie stał kościół poprowadzono linię nowych
umocnień, a do ich budowy użyto m.in. materiału z ruin świątyni. O dawnym obiekcie przypominał
wtedy jedynie krzyż. Kiedy miasto okrzepło nieco po wojennym dramacie postanowiono kościół
odbudować. Architektem nowej jego wersji był Kaspar Jentsch. W 1737 r. prace zostały ukończone,
a rok później dokonano wyświęcenia obiektu. Jego patronką znów była Najświętsza Maria Panna.
Aż do 1925 r. kaplica służyła katolikom.
Wobec kryzysu gospodarczego i nikłej, w Jeleniej Górze
tamtych lat, liczby wiernych tego wyznania, zdecydowano jednak w końcu o oddaniu zabytku
władzom miejskim. Barokowe wyposażenie kaplicy przeniesiono do innych kościołów. We wnętrzu
urządzono zaś salę wystawowa, a następnie muzeum militariów. Z chwilą zakończenia II wojny
światowej Jelenia Góra znalazła się w granicach Polski. Kościółek NMP w 1948 r. przekazano
powstałej rok wcześniej, jeleniogórskiej parafii prawosławnej. W 1953 r. dokonano w nim
gruntownych prac remontowo-adaptacyjnych.